肽的序列依赖性聚集与纤维形成
生物大分子
2017-09-21 v2
摘要
破译氨基酸序列与淀粉样纤维形成之间的联系是理解蛋白质错误折叠疾病的关键。此处我们使用蒙特卡洛模拟，在具有疏水-极性（HP）氨基酸序列及疏水接触的相关侧链取向的粗粒化模型中研究短肽的聚集。对于具有不同 HP 序列和不同肽数的体系，在聚集体结构和聚集热力学中观察到显著的异质性。对于若干含有常见 HPH 模式的序列，发现了类纤维有序聚集体，而其他序列可能形成螺旋束或无序聚集体。序列间聚集转变温度的广泛变化，即便在具有相同疏水分数的序列之间，表明并非所有序列都会在假定的生理温度下发生聚集。发现对于形成类纤维结构的序列，该转变的合作性最强。对于一个易成纤维的序列，表明纤维形成遵循成核与生长机制。有趣的是，易聚集与不易聚集序列肽的二元混合物显示出后者的缔合及向纤维状结构的转化。我们的研究突出了序列在选择类纤维聚集体中的作用，以及结构模板对不相关序列肽形成纤维的影响。
引用
@article{arxiv.1703.08851,
title = {Sequence dependent aggregation of peptides and fibril formation},
author = {Nguyen Ba Hung and Duy-Manh Le and Trinh X. Hoang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1703.08851},
year = {2017}
}
备注
11 pages, 10 figures