β-淀粉样蛋白纤维形成的热力学
生物大分子
2009-11-10 v1
摘要
淀粉样纤维是蛋白质的聚集体。它们由称为 --淀粉样蛋白（A）的肽构成，包含41至43个残基，由一种切割称为淀粉样前体蛋白（APP）的更大蛋白质的酶作用产生。X射线衍射实验表明这些纤维富含 --结构，而该肽在其生物活性构象的APP内呈现 --螺旋结构。基于已被证明形成与完整A肽结构相似的纤维的17残基A12--28淀粉样肽，建立了纤维形成的现实模型。借助物理论证并符合实验结果，假设A12--28单体处于四种可能状态（即天然螺旋构象、--发夹、球状低能态和解折叠态）。利用这些单体状态，构建了低聚物（二聚体、四聚体和八聚体）。借助对三种单体和多种低聚物的短时详细分子动力学（MD）计算，获得了这些结构的能量。在简单而现实的模型框架内利用这些结果来描述与淀粉样蛋白构象多样性相关的熵项，可以计算整个多体系统的相图，得到与实验结果总体一致的热力学图像。特别地，胶束亚稳态的存在似乎是决定系统热力学性质的关键问题。
引用
@article{arxiv.q-bio/0406029,
title = {Thermodynamics of beta-amyloid fibril formation},
author = {G. Tiana and F. Simona and R. A. Broglia and G. Colombo},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0406029},
year = {2009}
}