A5-miseq：一个从 Illumina MiSeq 数据组装微生物基因组的更新流程
定量方法
2014-06-05 v2 基因组学
摘要
动机：由于其复杂性，开源细菌基因组组装对许多生物学家而言仍然难以使用。能够自动化 Illumina 数据从头基因组组装过程中所有步骤的软件解决方案寥寥无几。结果：A5-miseq 无需任何参数调优，即可在笔记本电脑上仅凭低至 20 倍的序列数据覆盖度生成高质量的微生物基因组组装。A5-miseq 通过自动化接头修剪、质量过滤、纠错、contig 和 scaffold 生成以及误组装检测来实现这一点。与原始 A5 流程不同，A5-miseq 可以使用来自 Illumina MiSeq 的长读段，在 contig 生成期间使用读段配对信息，并包含几项读段修剪的改进。这些变化共同带来了显著改善的组装，能够比以往方法恢复更完整的参考基因集。可用性：A5-miseq 在 GPL 开源许可证下授权。Mac OS X 10.6+ 和 Linux 2.6.15+ 的源代码和预编译二进制文件可从 http://sourceforge.net/projects/ngopt 获取。
引用
@article{arxiv.1401.5130,
title = {A5-miseq: an updated pipeline to assemble microbial genomes from Illumina MiSeq data},
author = {David Coil and Guillaume Jospin and Aaron E. Darling},
journal= {arXiv preprint arXiv:1401.5130},
year = {2014}
}
备注
This is a revision of a manuscript submitted to Bioinformatics as an application note