Sibelia：一种用于近缘微生物基因组的可扩展且全面的共线块生成工具
定量方法
2013-07-31 v1 基因组学
摘要
比较同一微生物物种内的菌株已被证明能有效识别负责毒力的基因和基因组区域，并有助于传染病的诊断和治疗。在本文中，我们介绍了 Sibelia，这是一种利用迭代 de Bruijn 图在多个近缘微生物基因组中寻找共线块的工具。与大多数其他工具不同，Sibelia 不仅能找到基因组内重复的共线块，还能找到多个基因组共享的共线块。它以具有多个层级的层次结构表示共线块，每一层代表不同的粒度级别。Sibelia 旨在高效处理大量微生物基因组；它在标准台式机上能在 31 分钟内找到 31 个金黄色葡萄球菌（S. aureus）基因组中的共线块，并在 107 分钟内找到 59 个大肠杆菌（E.coli）基因组中的共线块。Sibelia 软件根据 GNU GPL v2 许可证分发，网址为：https://github.com/bioinf/Sibelia；Sibelia 的 Web 服务器网址为：http://etool.me/software/sibelia
引用
@article{arxiv.1307.7941,
title = {Sibelia: A scalable and comprehensive synteny block generation tool for closely related microbial genomes},
author = {Ilya Minkin and Anand Patel and Mikhail Kolmogorov and Nikolay Vyahhi and Son Pham},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7941},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)