通过组合序列标签PCR产物的Illumina测序进行微生物组分析
基因组学
2014-04-16 v1 定量方法
摘要
我们开发了一种低成本、高通量的微生物组分析方法，该方法使用附着在扩增rRNA V6区的PCR引物上的组合序列标签。扩增的PCR产物使用Illumina双端测序协议进行测序，产生数百万个重叠读段。组合序列标签可用于检查数百个样本，所需引物远少于仅在单端掺入序列标签时所需的引物。产生的读段数量允许对阴道微生物组样本进行饱和或接近饱和的分析。大量的读段允许对错误进行深入分析，我们发现PCR诱导的错误构成了非生物来源物种变异的绝大多数，这一观察结果对类似高通量数据的序列聚类具有重要意义。我们表明，在大多数情况下，短读段足以将生物体分配到属或种水平。我们建议，该方法将适用于任何具有分类学信息的短核苷酸区域的深度测序；这些区域包括细菌16S rRNA基因的V3、V5区域，以及在对原生生物多样性采样中日益流行的真核生物V9区域。
引用
@article{arxiv.1007.5075,
title = {Microbiome profiling by Illumina sequencing of combinatorial sequence-tagged PCR products},
author = {Gregory B. Gloor and Ruben Hummelen and Jean M. Macklaim and Russell J. Dickson and Andrew D. Fernandes and Roderick MacPhee and Gregor Reid},
journal= {arXiv preprint arXiv:1007.5075},
year = {2014}
}
备注
28 pages, 13 figures