grenepipe：一种灵活、可扩展且可复现的流水线，用于从测序读段自动进行变异与频率调用
基因组学
2025-01-09 v1
摘要
处理个体或群体的高通量 DNA 测序数据需要将带有众多参数的独立软件工具串联起来，常导致不可复现的流水线与数据集。我们开发了 grenepipe 以简化该数据处理过程，这是一个从原始测序数据到个体基因型或群体频率表格终产物的全合一 Snakemake 工作流。我们的流水线允许用户在一个配置文件中从一系列流行软件工具中选择，自动下载并安装软件与依赖，并通过两条命令调用运行：准备与执行。它针对集群环境与并行计算的可扩展性高度优化，将数据任务拆分为可管理的基因组区段并自动整合输出。grenepipe 基于 GPL-3 许可发布，并可自由获取于 https://github.com/moiexpositoalonsolab/grenepipe。
引用
@article{arxiv.2103.15167,
title = {grenepipe: A flexible, scalable, and reproducible pipeline to automate variant and frequency calling from sequence reads},
author = {Lucas Czech and Moises Exposito-Alonso},
journal= {arXiv preprint arXiv:2103.15167},
year = {2025}
}