pgMAP：一种用于双靶向 CRISPR 筛选中引导 RNA 读段比对的分析流程
基因组学
2023-06-02 v1
摘要
我们开发了 pgMAP，一种用于将双靶向 CRISPR 筛选中的 gRNA 测序读段进行比对的分析流程。pgMAP 的输出包括双 gRNA 读段计数表以及质量控制指标，涵盖所有时间点和样本的正确配对读段比例以及 CRISPR 文库测序覆盖度。pgMAP 使用 Snakemake 实现，并在 MIT 许可证下开源，地址为 https://github.com/fredhutch/pgmap_pipeline。
引用
@article{arxiv.2306.00944,
title = {pgMAP: a pipeline to enable guide RNA read mapping from dual-targeting CRISPR screens},
author = {Phoebe C. R. Parrish and Daniel J. Groso and James D. Thomas and Robert K. Bradley and Alice H. Berger},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.00944},
year = {2023}
}
备注
6 pages, 1 figure, code available at https://github.com/fredhutch/pgmap_pipeline