SlopMap：一种利用精确 k-mer 匹配快速灵活识别相似序列的软件应用工具
基因组学
2013-08-01 v1
摘要
随着下一代 (NG) 测序技术的出现，快速且低成本地对整个基因组进行测序已成为可能。然而，在某些实验中，人们仅需提取并组装部分序列读段，例如在进行转录组研究、线粒体基因组测序或外显子组特征分析时。面对完整基因组的原始 DNA 文库，识别感兴趣的读段看似是一个微不足道的问题。但实际上，由于与组装程序的文件输入不兼容，或者因为需要整合必须单独提取的信息，往往难以在组装阶段之前将 BLAST、BLAT、Bowtie 和 SOAP 等知名工具直接纳入生物信息学流程中。例如，为了将 Roche 454 测序仪产生的 flowgrams 整合到 Newbler 组装程序中，必须先从原始的 SFF 文件中将其提取出来。我们推出了 SlopMap，这是一款生物信息学软件实用工具，能够从 Roche 454 或 Illumina DNA 文库中快速识别与提供的目标序列相似的读段。SlopMap 拥有简单直观的命令行界面，其文件输出格式与组装程序兼容，因此无需任何额外的编程工作即可直接嵌入生物数据处理流程中。此外，SlopMap 还能保留 Roche 454 组装程序所需的 flowgram 信息。
引用
@article{arxiv.1307.8407,
title = {SlopMap: a software application tool for quick and flexible identification of similar sequences using exact k-mer matching},
author = {Ilya Y. Zhbannikov and Samuel S. Hunter and Matthew L. Settles and James A. Foster},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.8407},
year = {2013}
}