SOAPdenovo-Trans：基于短 RNA-Seq 读段的从头转录组组装

Yinlong Xie; Gengxiong Wu; Jingbo Tang; Ruibang Luo; Jordan Patterson; Shanlin Liu; Weihua Huang; Guangzhu He; Shengchang Gu; Shengkang Li; Xin Zhou; Tak-Wah Lam; Yingrui Li; Xun Xu; Gane Ka-Shu Wong; Jun Wang

SOAPdenovo-Trans：基于短 RNA-Seq 读段的从头转录组组装

基因组学 2013-08-12 v2

作者: Yinlong Xie , Gengxiong Wu , Jingbo Tang , Ruibang Luo , Jordan Patterson , Shanlin Liu , Weihua Huang , Guangzhu He , Shengchang Gu , Shengkang Li , Xin Zhou , Tak-Wah Lam , Yingrui Li , Xun Xu , Gane Ka-Shu Wong , Jun Wang

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摘要

动机：转录组测序长期以来一直是从无参考基因组的生物体中快速且廉价地获取大量基因序列的首选方法。随着下一代测序通量的迅速增加和成本的降低，RNA-Seq 日益普及；但鉴于该技术典型的短读段（例如 2 x 90 bp 双端），从头组装以恢复完整或全长转录本序列仍然是一个算法挑战。结果：我们提出了 SOAPdenovo-Trans，一种专为 RNA-Seq 设计的从头转录组组装器。我们在水稻和小鼠的转录组数据集上评估了其性能。使用这些注释良好的基因组（十年前测序）的已知转录本作为基准，我们评估了 SOAPdenovo-Trans 和其他两款流行软件如何处理可变剪接和表达水平变化等实际问题。我们的结论是，SOAPdenovo-Trans 提供了更高的连续性、更低的冗余度和更快的执行速度。可用性与实现：源代码和用户手册位于 http://sourceforge.net/projects/soapdenovotrans/ 联系方式：[email protected] 或 [email protected]

关键词

SOAPdenovo-Trans 从头转录组组装 RNA-Seq 短读段可变剪接连续性冗余度

引用

@article{arxiv.1305.6760,
  title  = {SOAPdenovo-Trans: De novo transcriptome assembly with short RNA-Seq reads},
  author = {Yinlong Xie and Gengxiong Wu and Jingbo Tang and Ruibang Luo and Jordan Patterson and Shanlin Liu and Weihua Huang and Guangzhu He and Shengchang Gu and Shengkang Li and Xin Zhou and Tak-Wah Lam and Yingrui Li and Xun Xu and Gane Ka-Shu Wong and Jun Wang},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1305.6760},
  year   = {2013}
}

备注

7 pages, 4 figures, 3 tables

SOAPdenovo-Trans：基于短 RNA-Seq 读段的从头转录组组装

摘要

关键词

引用

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