Bermuda：处理不均匀覆盖的转录本双向从头组装方法与新见解
基因组学
2015-06-19 v1
摘要
动机：RNA-seq使得分析一整套表达出的mRNA成为可能。基于映射的RNA-seq读数组装有时因缺乏高质量参考而不可行。然而，由于转录本间表达水平不均以及单个转录本内读数覆盖度的变化，从头组装极具挑战性。现有方法要么应用单一大小k-mer的de Bruijn图来组装全部转录本，要么进行多次组装运行，但每次运行仍应用单一大小k-mer的图。然而，单一k-mer大小并不适合具有变化覆盖度的转录本的所有区域。贡献：本文提出一种名为Bermuda的从头组装器，其处理不均匀覆盖具有新见解。与现有方法在每次组装中对所有转录本使用单一k-mer大小相反，Bermuda根据局部覆盖度自适应地使用若干k-mer大小来组装单个转录本的不同区域。因此，Bermuda不仅能处理转录本间的不均匀表达水平和覆盖度，也能处理单个转录本内的此类情况。大量测试表明，Bermuda在重建表达不均的转录本时优于流行的从头组装器，具有更长长度、更好连续性和更低冗余度。此外，Bermuda计算高效且内存消耗适中。
引用
@article{arxiv.1506.05538,
title = {Bermuda: Bidirectional de novo assembly of transcripts with new insights for handling uneven coverage},
author = {Qingming Tang and Sheng Wang and Jian Peng and Jianzhu Ma and Jinbo Xu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1506.05538},
year = {2015}
}