基于下一代测序的 Uca minax 转录组从头组装
基因组学
2020-01-10 v1
摘要
高通量 cDNA 测序(RNA-seq)是一种以无偏方式量化基因表达的非常强大的技术。甲壳动物家族是当前基因组数据库中代表性稀疏的生物类群之一。本文呈现 Uca minax(红关节招潮蟹)的转录组数据,以拓展我们的认知。使用 Illumina HiSeq 系统对来自 Uca minax 的六个组织样本进行下一代测序。利用 Trinity 这一用于在无参考基因组情况下对高通量 mRNA 测序(RNA-seq)数据进行从头转录组组装的免费开源软件工具,构建了六个转录组文库。此外,还使用了若干辅助数据管理的工具,如 RSEM、Bowtie、Blast 以及用于可视化 RNA-seq 分析结果的 IGV。对原始测序文件的快速质量控制(FastQC)分析显示,接头与 PCR 引物序列普遍存在于数据中,这可能需要一个预处理步骤。
引用
@article{arxiv.2001.03092,
title = {De Novo Assembly of Uca minax Transcriptome from Next Generation Sequencing},
author = {Hanin Omar and Casey A. Cole and Arjang Fahim and Giuliana Gusmaroli and Stephen Borgianini and Homayoun Valafar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.03092},
year = {2020}
}
备注
8 pages. BioComp 2015