从 RNA-Seq 数据识别 CHO 细胞差异基因表达的生物信息学流程
基因组学
2019-05-02 v1
摘要
近年来中国仓鼠与中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系基因组序列的发表促进了以空前分辨率研究这些生物制药细胞工厂。特别是,我们通过应用下一代测序(NGS)技术表征 RNA 表达(RNA-Seq),对 CHO 细胞转录组的认识迅速推进。在本章中我们提出一个计算流程,用于分析来自 Illumina 平台的 CHO 细胞 RNA-Seq 数据以识别差异表达基因。运行该分析所需的示例数据与生物信息学工作流可在 www.cgcdb.org/rnaseq_analysis_protocol.html 免费获取。
引用
@article{arxiv.1905.00204,
title = {A bioinformatics pipeline for the identification of CHO cell differential gene expression from RNA-Seq data},
author = {Craig Monger and Krishna Motheramgari and John McSharry and Niall Barron and Colin Clarke},
journal= {arXiv preprint arXiv:1905.00204},
year = {2019}
}
备注
15 pages, 3 figures,