蒸馏式单细胞基因组测序与稀疏微生物群落的从头组装
基因组学
2014-04-29 v2 计算工程、金融与科学
摘要
识别微生物样本中存在的每一个单细胞基因组是一项重要且具有挑战性的任务，具有关键的应用价值。其挑战性在于微生物样本通常包含数百万个细胞，其中绝大多数无法培养。迄今为止最准确的方法是使用多重置换扩增进行穷尽式单细胞测序，但这对于大量细胞而言简直是不可行的。然而，由于具有不同基因组序列的不同细胞类型数量通常远小于细胞总数，因此突破这一障碍仍有希望。在此，我们提出了一种新颖的分治法，用于对微生物样本中所有不同的基因组进行测序和从头组装，其测序成本和计算复杂度与基因组类型的数量成正比，而非与细胞数量成正比。该方法在一个名为 Squeezambler 的工具中实现。我们在模拟数据上评估了 Squeezambler。所提出的分治法与朴素的穷尽式方法相比，成功降低了测序成本。可用性：Squeezambler 及相关数据集可在 http://compbio.cs.wayne.edu/software/squeezambler/ 获取。
引用
@article{arxiv.1305.0062,
title = {Distilled Single Cell Genome Sequencing and De Novo Assembly for Sparse Microbial Communities},
author = {Zeinab Taghavi and Narjes S. Movahedi and Sorin Draghici and Hamidreza Chitsaz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.0062},
year = {2014}
}