基于双图的可扩展二倍体及多倍体基因组端粒到端粒组装
基因组学
2023-06-07 v1
摘要
尽管长读长数据在长度与准确度上近期取得进展，构建单倍型解析的端粒到端粒基因组组装仍需可观的计算资源。本研究提出一种高效的从头组装算法，结合多种测序技术以扩展群体规模的端粒到端粒组装。通过利用二十二个人类基因组与两个植物基因组，我们证明该算法比现有方法便宜约一个数量级，同时产生更优的二倍体与单倍体组装。值得注意的是，我们的算法是多倍体基因组单倍型解析组装唯一可行的方案。
引用
@article{arxiv.2306.03399,
title = {Scalable telomere-to-telomere assembly for diploid and polyploid genomes with double graph},
author = {Haoyu Cheng and Mobin Asri and Julian Lucas and Sergey Koren and Heng Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2306.03399},
year = {2023}
}
备注
14 pages, 4 fuhires