从宏基因组测序数据生成宏基因组组装基因组的计算工具综述
基因组学
2021-09-03 v1
摘要
微生物与人类在地球上的生活本质相关却又错综复杂地联系在一起。它们严重干预不同的生理过程，从而影响整体健康状况。对微生物物种的研究以往受限于那些可在实验室培养的种类。但这排除了在实验室条件下无法存活的微生物组中的很大一部分。过去几年中，不依赖培养的宏基因组测序使我们能够探索共存于我们体内和体表的复杂微生物群落。宏基因组学为我们提供了研究微生物组的新途径，从研究单一物种到动态生态系统中的复杂群落。因此，识别所涉及的微生物及其基因组成为宏基因组测序的核心任务之一。宏基因组组装基因组是来自从头组装的具有相似序列特征的重叠群组，可代表宏基因组测序中的微生物基因组。在本文中，我们综述了一系列从宏基因组测序数据生成和注释宏基因组组装基因组的工具，并讨论了它们的技术和生物学视角。
引用
@article{arxiv.2109.00809,
title = {A review of computational tools for generating metagenome-assembled genomes from metagenomic sequencing data},
author = {Chao Yang and Debajyoti Chowdhury and Zhenmiao Zhang and William K. Cheung and Aiping Lu and Zhao Xiang Bian and Lu Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.00809},
year = {2021}
}