META-pipe——海洋宏基因组序列数据的流水线注释、分析与可视化
分布式、并行与集群计算
2016-04-15 v1
摘要
海洋环境是地球上微生物生物多样性最重要的来源之一。这些微生物驱动许多生物地球化学过程，其巨大的遗传潜力尚未被充分探索或利用。海洋宏基因组学（DNA鸟枪法测序）不仅为研究微生物群落的结构与功能提供机会，还能鉴定新型生物催化剂和生物活性化合物。然而，由于样本的高多样性和海洋旗舰项目的规模，数据分析、管理、存储、处理和解释在海洋宏基因组学中面临重大挑战。我们提供了一种用于海洋宏基因组分析的新流水线META-pipe。它提供预处理、组装、分类学分类和功能分析。为减少开发和部署的工作量，我们集成了现有的生物分析框架以及计算和存储基础设施资源。我们当前的META-pipe Web服务提供了与身份提供者服务的集成、分布式存储、超级计算机上的计算、Galaxy工作流以及交互式数据可视化。我们评估了该分析流水线的可扩展性和性能。我们的结果展示了如何在分布式计算和存储资源上开发和部署流水线，并讨论了与此过程相关的重要挑战。
引用
@article{arxiv.1604.04103,
title = {META-pipe - Pipeline Annotation, Analysis and Visualization of Marine Metagenomic Sequence Data},
author = {Espen Mikal Robertsen and Tim Kahlke and Inge Alexander Raknes and Edvard Pedersen and Erik Kjærner Semb and Martin Ernstsen and Lars Ailo Bongo and Nils Peder Willassen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.04103},
year = {2016}
}
备注
22 pages, 10 figures