通过宏基因组数据集的连通性分析揭示 Illumina 测序伪影
基因组学
2012-12-04 v1
摘要
宏基因组数据集中的测序错误和偏差会影响基于覆盖度的组装，且在分析过程中常被忽略。在此，我们分析了宏基因组中的读段连通性，并识别出宏基因组组装图中存在问题的且可能非生物的连通性。具体而言，我们识别出高度连通的序列，这些序列连接了每个真实宏基因组中很大比例的读段。这些序列在鸟枪法读段中表现出位置特异性偏差，提示其为测序伪影，且在组装过程中仅被极少地整合到重叠群中。在组装前去除这些序列可使大多数宏基因组的组装内容保持相似，并能利用图划分来降低组装所需的内存和时间。
引用
@article{arxiv.1212.0159,
title = {Illumina Sequencing Artifacts Revealed by Connectivity Analysis of Metagenomic Datasets},
author = {Adina Chuang Howe and Jason Pell and Rosangela Canino-Koning and Rachel Mackelprang and Susannah Tringe and Janet Jansson and James M. Tiedje and C. Titus Brown},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.0159},
year = {2012}
}