含噪声读长的鸟枪法测序近最优组装
基因组学
2014-02-28 v1
摘要
近期的工作基于读长无误差（无噪声读长）的理想化假设，确定了从鸟枪法测序数据进行从头基因组重建所需的读长和覆盖深度方面的信息需求基本极限。在本工作中，我们表明即使读长中存在噪声，人们也能以接近无噪声基本极限的信息需求成功进行重建。我们基于基因组的概率模型设计了一种新的组装算法 X-phased Multibridging。分析表明该算法在模型上表现良好，模拟表明其在真实基因组上也表现良好。
引用
@article{arxiv.1402.6971,
title = {Near-optimal Assembly for Shotgun Sequencing with Noisy Reads},
author = {Ka-Kit Lam and Asif Khalak and David Tse},
journal= {arXiv preprint arXiv:1402.6971},
year = {2014}
}