带擦除的 shotgun 序列信道的可达速率

在 shotgun 序列中，输入字符串（通常是由核苷酸碱基组成的长 DNA 序列）被序列化为多个互相重叠的短片段（称为“读取”）。将 shotgun 序列管道建模为 DNA 数据存储的通信信道时，最近的工作确定了该信道的容量，假设读取本身是原始序列的无噪声子串。然而，现代 shotgun 序列仪器还为每个碱基读取输出质量分数，表示其识别置信度。具有低质量分数的碱基可被视为被擦除。为此，我们考虑“带擦除的 shotgun 序列信道”，即每个读取中的每个符号都以某种概率 $\delta$ 独立被擦除。我们使用随机码构建和基于典型性的解码器，确定该信道的可达速率。