读取错误对基因组组装有影响吗？
信息论
2015-01-27 v1 math.IT
基因组学
摘要
虽然当前大多数高通量 DNA 测序技术生成具有低错误率的短读长，但新兴的测序技术生成具有高错误率的长读长。一个基本的兴趣问题是就完美组装基因组所需的信息而言，读长与错误率之间的权衡。使用对抗性擦除错误模型，我们通过建立一个临界读长（作为基因组和错误率的函数）在此问题上取得了进展，高于该长度即可保证完美组装。对于包括来自 GAGE 数据集在内的几个真实基因组，我们验证了该临界读长并不显著大于从无错误读长进行完美组装所需的读长。
引用
@article{arxiv.1501.06194,
title = {Do Read Errors Matter for Genome Assembly?},
author = {Ilan Shomorony and Thomas Courtade and David Tse},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.06194},
year = {2015}
}
备注
Submitted to ISIT 2015