用于未校正长 nanopore 读段快速从头布局的谱算法
基因组学
2017-07-18 v3
摘要
动机：新型长读长测序仪有望通过产生数万个碱基长的读段来变革测序和基因组组装。然而，其高错误率显著增加了组装的复杂性，并需要昂贵的校正步骤才能使用标准组装引擎对读段进行布局。结果：我们提出了一种原创且高效的谱算法来对未校正的 nanopore 读段进行布局，并将其无缝集成到一个简单的重叠/布局/共识 (OLC) 组装方案中。该方法表明，能将来自几种细菌基因组的 Oxford Nanopore 读段组装成高质量（与参考序列约 99% 一致性）的基因组大小 contig，而从 Sacharomyces cerevisiae 参考菌株中则得到更为碎片化的组装。可用性与实现：http://github.com/antrec/spectrassembler 联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.1609.07293,
title = {A spectral algorithm for fast de novo layout of uncorrected long nanopore reads},
author = {Antoine Recanati and Thomas Brüls and Alexandre d'Aspremont},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.07293},
year = {2017}
}
备注
Now includes additional experiments, with a comparison of the method to Canu, Miniasm and Racon with other datasets, and evaluation of the computational performance