MetaSUB 微生物组核心分析流程实现大规模宏基因组分析
定量方法
2020-09-28 v1
摘要
动机:准确的数据分析和质量控制对宏基因组研究至关重要。尽管存在许多分析宏基因组数据的工具,但缺乏跨项目集成和运行这些工具的一致框架。当前,宏基因组的计算分析耗时,常遗漏潜在有趣的结果,且难以复现。此外,宏基因组研究间的比较因工具和数据库的不一致而受阻。结果:我们提出 MetaSUB 核心分析流程(CAP),一个用于分析宏基因组并总结项目结果的综合工具。CAP 以自底向上的方式设计,执行 QC、预处理、分析,甚至构建相关数据库和安装必要工具。可用性与实现:CAP 基于 MIT 许可证发布于 GitHub(https://github.com/MetaSUB/CAP2)及 Python Package Index。文档与示例可在 GitHub 上获取。
引用
@article{arxiv.2009.12338,
title = {The MetaSUB Microbiome Core Analysis Pipeline Enables Large Scale Metagenomic Analysis},
author = {David C Danko and Chris Mason},
journal= {arXiv preprint arXiv:2009.12338},
year = {2020}
}