迈向宏基因组样本中细菌内容的完整表征
基因组学
2022-11-23 v2
摘要
背景：在微生物组群落的宏基因组组装中，我们可能认为丰度高的物种因其更深的覆盖度而更易组装。然而，这一猜想很少被检验。我们常不知遗漏了多少丰度高的物种，也没有方法恢复这些物种。结果：本文提出基于 k-mer 和 16S RNA 的方法来衡量宏基因组组装的完整性。我们表明，即便使用 PacBio 高保真（HiFi）读段，丰度高的物种也常未被组装，因为高的菌株多样性可能导致重叠群碎片化。我们开发了一种新算法，通过识别环状组装子图来恢复丰度的宏基因组组装基因组（MAGs）。我们的算法无需参考，且是对标准宏基因组分箱的补充。在 14 个真实数据集上的评估表明，它挽救了许多现有方法会遗漏的丰度物种。结论：我们的工作强调了宏基因组完整性这一常被忽视的重要性。我们的算法生成了更多环状 MAGs，并向微生物组群落的完整表征迈进了一步。
引用
@article{arxiv.2210.00098,
title = {Towards complete representation of bacterial contents in metagenomic samples},
author = {Xiaowen Feng and Heng Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2210.00098},
year = {2022}
}