基于随机引物方法的宏基因组组成分析
定量方法
2016-11-04 v1
摘要
宏基因组是不同基因组（通常为细菌）的混合物，代表一种模式，而其组成分析目前是生物信息学中的挑战性问题之一。在本研究中，探讨了通过 DNA 标记方法评估宏基因组组成的可能性。这些方法基于使用引物（短核酸片段）。每个引物从被测基因组中挑选出该基因组特有的片段集合，称为其谱（对于给定引物），并用于识别该基因组。应用于宏基因组的 DNA 标记方法同样给出其谱，显然，该谱表示属于该宏基因组的所有基因组谱的并集。因此，每个引物提供了基因组和宏基因组到相应谱集上的投影。在此，我们提议应用随机投影（随机引物）方法来分析宏基因组组成，并给出针对随机扩增多态性 DNA (RAPD) 技术情形方法有效性的若干估计。
引用
@article{arxiv.1611.01037,
title = {Analysis of Metagenome Composition by the Method of Random Primers},
author = {Valery Kirzhner and Zeev Volkovich and Renata Avros and Katerina Korenblat},
journal= {arXiv preprint arXiv:1611.01037},
year = {2016}
}
备注
18 pages, 4 figures