利用 dnaasm-link 软件将从头组装结果与长 DNA 读段相连接
基因组学
2019-05-23 v1
摘要
目前，相较于新一代测序技术能够获得更长 DNA 读段的第三代测序技术正变得越来越流行。将新一代与第三代测序数据相结合有许多可能。在此，我们提出一个名为 dnaasm-link 的新应用程序，用于将第二代测序数据从头组装结果中的重叠群与长 DNA 读段相连接。我们的工具包含一个集成模块，可用合适长 DNA 读段的适当片段填补间隙，从而提高所得 DNA 序列的一致性。这一特性非常重要，尤其对于本文所展示的复杂 DNA 区域。最后，我们的实现在速度和内存需求方面优于其他最先进的工具，这可能使该应用程序能用于具有大基因组的生物，而现有应用程序无法做到。该应用程序具有诸多优点：(i) 显著的内存优化与计算时间缩减；(ii) 通过指定长 DNA 读段的适当片段填补间隙；(iii) 减少现有基因组草图中的跨越与非跨越间隙数量。该应用程序在 GNU 库或较宽松通用公共许可证第 3.0 版 (LGPLv3) 下对所有用户免费提供。演示程序、docker 镜像与源代码可在 http://dnaasm.sourceforge.net 获取。
引用
@article{arxiv.1811.05456,
title = {Linking de novo assembly results with long DNA reads by dnaasm-link application},
author = {Wiktor Kuśmirek and Wiktor Franus and Robert Nowak},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.05456},
year = {2019}
}
备注
16 pages, 5 figures