GobyWeb：基因表达与DNA甲基化测序数据的简化管理与分析
定量方法
2015-06-12 v1 基因组学
摘要
我们介绍了GobyWeb，一个基于Web的系统，用于促进高通量测序（HTS）项目的管理和分析。该软件为广泛的HTS分析提供集成支持，并提供简单的插件扩展机制。目前支持的分析包括信使RNA和小RNA测序的基因表达定量、DNA甲基化估计（即简化重亚硫酸盐测序和全基因组甲基化测序），或测序数据中病原体的检测。与许多为HTS数据分析开发的分析流程相比，GobyWeb需要的存储空间显著更少，在并行网格上高效运行，能够优雅地扩展到处理数十或数百个多吉字节样本，并且对于熟悉使用Web浏览器的研究人员来说可以有效地使用。GobyWeb可在http://gobyweb.campagnelab.org获取，并免费用于非商业用途。
引用
@article{arxiv.1211.6666,
title = {GobyWeb: simplified management and analysis of gene expression and DNA methylation sequencing data},
author = {Kevin C. Dorff and Nyasha Chambwe and Zachary Zeno and Rita Shaknovich and Fabien Campagne},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.6666},
year = {2015}
}
备注
main manuscript: 17 pages, 4 tables, 6 figures. Supplementary material: 4 figures. Comment on this manuscript on Twitter or Google+ with this handle: #GobyWebPaper