MetaHMM：用于鉴定宏基因组样本中具特定功能新基因的 Web 服务器
基因组学
2017-10-31 v1
摘要
大型临床与环境宏基因组数据集的快速且廉价的测序为医学与生物技术应用开辟了新视野。据信如今我们仅描述了地球上约 1% 的微生物，因此宏基因组分析主要处理样本中未知物种。极端环境中的微生物群落可能含有具高生物技术潜力的基因，而与疾病相关的临床宏基因组可能揭示已知疾病中仍未知的病原体与病理机制。尽管当今对样本中分类单元进行物种水平鉴定与描述似乎不可能，我们仍可利用众多技术（包括人工智能工具如隐马尔可夫模型（HMMs））在这些样本中搜索具已知功能的新基因。在此我们描述一个易用的 Web 服务器 MetaHMM，它能够针对待搜索基因进行基于同源性的自动建模，并在宏基因组中找到最相近匹配。该服务器使用已高度成功的构建模块：它通过 Clustal Omega 进行多序列比对，用 HMMER 的 hmmbuild 组件构建隐马尔可夫模型，并使用 hmmsearch 在宏基因组中查找与指定模型相似的序列。该服务器公开于 https://metahmm.pitgroup.org。
引用
@article{arxiv.1710.10995,
title = {MetaHMM: A Webserver for Identifying Novel Genes with Specified Functions in Metagenomic Samples},
author = {Balazs Szalkai and Vince Grolmusz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.10995},
year = {2017}
}