PanGeneHome：一个分析微生物泛基因组的交互式网络接口
定量方法
2018-05-16 v1
摘要
PanGeneHome 是一个专用于分析可用微生物泛基因组的网络服务器。对于任何具有至少三个测序基因组的原核分类单元，PanGeneHome 提供 (i) 基因的保守水平，(ii) 泛基因组和核心基因组曲线、估计的泛基因组大小及其他度量，(iii) 基于这些基因组基因内容和平均氨基酸一致性（AAI）的系统树，以及 (iv) 所选分类单元核心、辅助和独特基因库中代表的功能类别和代谢途径。此外，这些不同分析的结果可在任意分类单元集之间进行比较。凭借覆盖 182 个物种和 49 个目的 615 个分类单元的可用性，PanGeneHome 提供了一种简便途径以概览感兴趣微生物类群的泛基因组。该服务器及其文档可在 http://pangenehome.lmge.uca.fr 获取。
引用
@article{arxiv.1805.05597,
title = {PanGeneHome : A Web Interface to Analyze Microbial Pangenomes},
author = {Camille Loiseau and Victor Hatte and Charlotte Andrieu and Loic Barlet and Audric Cologne and Romain De Oliveira and Lionel Ferrato-Berberian and Hélène Gardon and Damien Lauber and Mélanie Molinier and Stéphanie Monnerie and Kissi N 'Gou and Benjamin Penaud and Olivier Pereira and Justine Picarle and Amandine Septier and Antoine Mahul and Jean-Christophe Charvy and François Enault},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.05597},
year = {2018}
}