适应性免疫组库构建的新算法挑战
基因组学
2016-04-11 v1
摘要
动机：血清中抗体和T细胞受体(TCRs)浓度分析是免疫信息学的基本问题。组库构建是克隆谱系分析、理解免疫应答动态、免疫球蛋白和TCR基因座群体分析的预备步骤。2013年MiSeq Illumina测序仪的出现开启了利用高精度读段研究适应性免疫组库的视野。MiSeq产生的读段能够覆盖中等大小组库。同时，测序仪通量逐年增加。这将使得超深度扫描适应性免疫组库及其多样性分析成为可能。此类数据需要高效且高精度的组库构建工具。2015年Safonova等人提出IgRepertoireConstructor，一个用于精确构建抗体组库和免疫蛋白质基因组学分析的工具。不幸的是，提出的算法非常耗时耗内存，可能成为处理大型免疫测序文库的瓶颈。本文中我们克服此挑战并呈现IgReC，一个用于适应性组库构建问题的新算法。IgReC高精度重建组库，即使每个输入读段包含测序错误，并且在当代数据集上表现良好。计算实验结果显示IgReC提升了该领域的最先进水平。可用性：IgReC是开源免费程序，运行于Linux平台。源代码位于GitHub: yana-safonova.github.io/ig_repertoire_constructor。联系：[email protected]
引用
@article{arxiv.1604.02193,
title = {New algorithmic challenges of adaptive immune repertoire construction},
author = {Alexander Shlemov and Sergey Bankevich and Andrey Bzikadze and Yana Safonova},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.02193},
year = {2016}
}
备注
Paper accepted at the RECOMB-Seq 2016