从单次 repertoire 快照中检测参与免疫响应的T细胞受体
基因组学
2020-11-20 v1
摘要
超可变T细胞受体（TCR）在适应性免疫中发挥关键作用，可识别极其多样的病原来源抗原。TCR repertoire的高通量测序（RepSeq）从血液与组织样本产生海量T细胞受体序列数据集。然而，我们从RepSeq数据提取临床相关信息的能力有限，主要因为对TCR-疾病关联知之甚少。此处我们提出一种称为ALICE（通过扩增序列聚类鉴定抗原特异性淋巴细胞）的统计方法，可从单次RepSeq样本识别当前正积极参与免疫响应的TCR序列，并将其应用于多种疾病患者的repertoire——自身免疫病（强直性脊柱炎）、癌症免疫治疗下患者、或急性感染（活黄热疫苗）受试者。该方法的稳健性由其预测与独立检测的一致得到证明，并因其能选择性检测记忆而非初始子集中的应答TCR而得到支持。ALICE无需纵向数据收集亦无需大队列，因此可直接应用于多数RepSeq数据集。其结果有助于鉴定与广泛疾病及状况相关的TCR变异，可用于诊断、理性疫苗设计及适应性免疫系统状态评估。
引用
@article{arxiv.1807.08833,
title = {Detecting T-cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots},
author = {Mikhail V Pogorelyy and Anastasia A Minervina and Mikhail Shugay and Dmitriy M Chudakov and Yuri B Lebedev and Thierry Mora and Aleksandra M Walczak},
journal= {arXiv preprint arXiv:1807.08833},
year = {2020}
}