T细胞受体结合谱的接触图谱依赖性
生物物理
2022-01-03 v1
摘要
适应性免疫系统的T细胞分支通过区分宿主与外来物质，为宿主提供针对未知病原体的保护。这种辨别能力是通过产生一个细胞库来实现的，其中每个细胞携带一种T细胞受体（TCR），该受体特异性识别以肽段结合主要组织相容性复合体（pMHC）形式展示的非自身抗原。由于TCR-pMHC配对之间微妙的相互作用以及不同可能配对的数量众多，在库水平上理解适应性免疫系统的动态十分复杂，使得目前计算上精确的求解不可行。为获得对此问题的一些见解，我们研究了一种基于亲和力的TCR-pMHC结合模型，其中利用晶体结构生成基于距离的接触图谱，对成对氨基酸相互作用进行加权。我们发现，TCR-pMHC结合能分布强烈依赖于接触数目以及所选接触图谱拓扑所允许的重复结构；这反过来影响了负选择过程中T细胞的识别概率，方差越大导致存活概率越高。此外，我们量化了在具有更高接触数的位点发生突变的新抗原被以更高速率识别的程度。
引用
@article{arxiv.2112.14879,
title = {Contact map dependence of a T cell receptor binding repertoire},
author = {Kevin Ng Chau and Jason T. George and José N. Onuchic and Xingcheng Lin and Herbert Levine},
journal= {arXiv preprint arXiv:2112.14879},
year = {2022}
}
备注
10 pages, 4 figures, to be submitted to Physical Review E