通过 repertoire 相似性进行免疫指纹识别
基因组学
2021-02-05 v2
摘要
免疫 repertoire 提供了一种反映个体免疫历史的独特指纹，在精准医学中具有潜在应用。然而，这些信息在多大程度上属于个人、以及如何用于识别个体尚未被探索。在此，我们表明，仅从几千个淋巴细胞的 repertoire 即可唯一识别个体。我们提出“Immprint”，一种利用信息论度量 repertoire 相似性来区分来自相同与不同个体的 repertoire 样本对的分类器。利用已发表的 T 细胞受体 repertoire 和统计建模，我们通过由 10,000 个 T 细胞组成的样本计算出 的假阳性率和假阴性率，测试了其以极高准确度识别个体的能力，包括同卵双胞胎。我们通过纵向数据集和模拟验证该方法对急性感染和时间推移具有鲁棒性。这些结果强调了 repertoire 数据的私密和个人属性。
引用
@article{arxiv.2006.13530,
title = {Immune Fingerprinting through Repertoire Similarity},
author = {Thomas Dupic and Meriem Bensouda Koraichi and Anastasia Minervina and Mikhail Pogorelyy and Thierry Mora and Aleksandra M. Walczak},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.13530},
year = {2021}
}