基于 B 细胞受体深度测序数据的逐样本免疫球蛋白种系推断
种群与进化
2019-07-26 v2
摘要
个体种系中免疫球蛋白基因的集合通过重组产生 B 细胞受体，已知其在不同个体间存在显著差异。例如，在人类中，每个个体仅拥有数百个已知 V 等位基因中的一部分。此外，目前公认的已知 V 等位基因集合既不完整（尤其对于非欧洲样本），又包含大量虚假等位基因。由此导致的关于任何给定样本中存在哪些免疫球蛋白等位基因的不确定性，会造成 B 细胞受体序列注释的不准确，特别是推断出的初始祖先不准确。在本文中，我们首先表明，目前普遍采用的将每条序列与完整 IMGT 等位基因集中最匹配者比对的做法，会产生大量并不属于该样本真实种系 V 等位基因集合的虚假等位基因。随后我们描述了一种从深度测序数据推断每个个体种系基因集合的新方法，并通过在多种模拟和真实数据样本上的详细比较表明，它优于现有方法。该新方法已集成到 partis 注释与克隆家族推断软件包中，可在 https://github.com/psathyrella/partis 获取，且默认运行而不影响总体运行时间。
引用
@article{arxiv.1711.05843,
title = {Per-sample immunoglobulin germline inference from B cell receptor deep sequencing data},
author = {Duncan K. Ralph and Frederick A. Matsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.05843},
year = {2019}
}