利用重链/轻链配对信息推断 B 细胞克隆家族
基因组学
2023-01-11 v2 种群与进化
摘要
B 细胞受体（BCR）谱库的下一代测序已成为理解抗体介导免疫反应的普遍工具：现在常见大量编码 BCR 重链与轻链两个亚基的序列数据。然而，在近期高通量保留重链/轻链配对信息的方法发展之前，这些样本不包含关于哪个重链序列与哪个轻链序列配对的明确信息。分析此类 BCR 谱库样本的第一步之一是将序列分组为克隆相关家族，每个家族源自单次重排事件。已有许多方法实现此目的，但迄今尚无方法充分利用新可用的配对信息。该信息可显著提升聚类性能，尤其对轻链。轻链传统上因低多样性及随之而来的大量具有不可区分朴素重排的非克隆家族而难以进行克隆家族推断。本文提出一种将此配对信息纳入聚类过程的方法，以获得更准确的数据克隆相关家族划分。我们还展示了两种修正不完美配对信息的方法，可简化样本制备并增加测序深度。最后，我们描述了 partis 软件包（https://github.com/psathyrella/partis）的其他若干改进。
引用
@article{arxiv.2203.11367,
title = {Inference of B cell clonal families using heavy/light chain pairing information},
author = {Duncan K. Ralph and Frederick A. Matsen},
journal= {arXiv preprint arXiv:2203.11367},
year = {2023}
}