从受体库测序推断免疫应答
定量方法
2020-11-20 v2
摘要
B 细胞和 T 细胞受体的高通量测序使得追踪不同时间、不同组织、急慢性疾患或健康个体中的免疫受体库成为可能。然而,由于采样、文库制备和表达噪声,各受体克隆型读段计数的变异性给受体库间的定量比较带来了混淆。在此,我们提出一种通用的贝叶斯方法,以将这些随机效应与受体库变异区分开来。利用重复实验,我们首先展示如何通过推断克隆大小分布以及一个将克隆真实频率与其读段计数相关联的显式噪声模型,来学习读段计数的自然变异性。随后,我们以该零模型为基线,从免疫激发前后两个时间点的受体库推断克隆扩增模型。将我们的方法应用于黄热病疫苗接种这一人类急性感染模型,我们识别出了参与应答的候选克隆。
引用
@article{arxiv.1912.08304,
title = {Inferring the immune response from repertoire sequencing},
author = {Maximilian Puelma Touzel and Aleksandra M. Walczak and Thierry Mora},
journal= {arXiv preprint arXiv:1912.08304},
year = {2020}
}