T 细胞库生成与胸腺选择的群体变异性
种群与进化
2021-02-05 v1
摘要
T 细胞受体（TCR）库的多样性由两种内在随机步骤共同实现：VDJ 重组的随机受体生成，以及基于主要组织相容性复合体上呈递的随机自身肽识别的选择。这些过程导致个体内和个体间的巨大受体变异性。然而，由于所取样库规模有限，变异性的表征受到阻碍。我们引入新软件工具 SONIA，以从 651 名个体的测序库推断针对个体的 TCR β 链（TRB）生成与选择的计算模型，分离并量化群体中生成与选择两过程的变异性。我们发现不仅大部分变异性由 VDJ 生成过程驱动，而且个体间具有高度一致性，库间个体间方差约为个体内方差的 2%。已知病毒特异性 TCR 遵循与所有 TCR 相同的生成与选择统计。
引用
@article{arxiv.2001.02843,
title = {Population variability in the generation and thymic selection of T-cell repertoires},
author = {Zachary Sethna and Giulio Isacchini and Thomas Dupic and Thierry Mora and Aleksandra M. Walczak and Yuval Elhanati},
journal= {arXiv preprint arXiv:2001.02843},
year = {2021}
}
备注
13 pages, 7 figure, 2 tables