SOS：T 与 B 细胞受体的在线概率估计与生成
基因组学
2020-11-20 v1
摘要
近期对 VDJ 重组及 T 和 B 细胞受体后续选择的建模进展，为跨时间、个体与组织分析和比较免疫组库提供了有用工具。一套工具——IGoR [1]、OLGA [2] 与 SONIA [3]——已向公众发布，可从高通量测序数据推断生成与选择模型。然而使用这些工具需要一定的脚本或命令行技能以及对复杂数据集的熟悉。因此上述模型尚未惠及广泛受众。在本应用说明中，我们通过提出 Simple OLGA & SONIA (SOS) 弥补这一缺口，这是一个基于网页的界面，无编程技能的用户可计算其序列的生成与选择后概率，并生成合成序列批次。该应用亦可在手机上运行。
引用
@article{arxiv.2003.13149,
title = {SOS: Online probability estimation and generation of T and B cell receptors},
author = {Giulio Isacchini and Carlos Olivares and Armita Nourmohammad and Aleksandra M. Walczak and Thierry Mora},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.13149},
year = {2020}
}