基于 soNNia 的 T 与 B 细胞受体库深度生成式选择模型
种群与进化
2021-04-28 v2 定量方法
摘要
淋巴细胞的不同亚类承担不同的功能角色，协同产生免疫应答与持久免疫力。除这些功能角色外，T 和 B 细胞淋巴细胞依赖其受体链多样性来识别不同病原体。淋巴细胞亚类源于在筛选过程中以相同受体多样性生成的共同祖先。在此，我们利用受体生成的生物物理模型与筛选的机器学习模型，来识别功能性淋巴细胞库及子库所特有的序列特征。具体而言，仅使用库水平序列信息，我们对 CD4 与 CD8 T 细胞进行分类，发现筛选过程中出现的受体链间相关性，并识别作为病原表位靶标的 T 细胞亚群。我们也展示了简单线性分类器表现与更复杂机器学习方法相当的例子。
引用
@article{arxiv.2011.03112,
title = {Deep generative selection models of T and B cell receptor repertoires with soNNia},
author = {Giulio Isacchini and Aleksandra M Walczak and Thierry Mora and Armita Nourmohammad},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.03112},
year = {2021}
}