EDGE COVID-19：一个为 SARS-CoV-2 测序工作生成可提交基因组的网络平台
基因组学
2021-06-25 v4
摘要
基因组学已成为监测新发传染病暴发的一项关键技术。全球各地的实验室正在使用各种病原体基因组富集和测序技术及策略，并采用不同的、有时是临时的分析程序来生成基因组序列。因此，公共数据库现在包含质量参差不齐的非标准条目。一个用于确定一致性基因组序列的标准化分析流程，特别是对于像当前 COVID-19 大流行这样的疫情，对于为流行病学分析和明智决策提供坚实的基因组基础至关重要。为了满足这一需求，我们开发了一个生物信息学工作流，用于标准化分析由 Illumina 或 Oxford Nanopore 平台生成的 SARS-CoV-2 测序数据。通过一个直观的基于网络的界面，该工作流自动化了基于参考序列的 SARS-CoV-2 基因组组装、变异检测、谱系鉴定，并提供了将一致性序列和必要的元数据提交到 GenBank 或 GISAID 的功能。给定一个原始的 Illumina 或 Oxford Nanopore FASTQ 读长文件，这个基于网络的平台使非生物信息学专家能够自动生成一个准备好提交到 GISAID 或 GenBank 的 SARS-CoV-2 基因组。可用性：https://edge-covid19.edgebioinformatics.org；https://github.com/LANL-Bioinformatics/EDGE/tree/SARS-CoV2
引用
@article{arxiv.2006.08058,
title = {EDGE COVID-19: A Web Platform to generate submission-ready genomes for SARS-CoV-2 sequencing efforts},
author = {Chien-Chi Lo and Migun Shakya and Karen Davenport and Mark Flynn and Adán Myers y Gutiérrez and Bin Hu and Po-E Li and Elais Player Jackson and Yan Xu and Patrick S. G. Chain},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.08058},
year = {2021}
}