人类T细胞受体基因座的组织结构
基因组学
2019-12-17 v1
摘要
人类T细胞受体库由T细胞受体(TCR)基因座上可变(V)、多样(D)和连接(J)片段的重排产生。为了确定这些基因片段在TCR基因座上的结构排序是否有助于观察到的克隆频率，我们检测了TCR基因座在基因片段组织方面的自相似性和周期性。数值序列顺序的对数变换表明，当相邻片段之间的间距被视为相邻基因片段大小的函数时，T细胞受体α(TRA)和β(TRB)基因座的V和J基因片段以自相似方式排列。这些基因座上J(在TRA中)或D(在TRB中)片段与连续V片段之间的基因组距离之比呈对数下降。考虑到螺旋DNA分子上出现的基因片段，在对数分布中，连续TCR基因片段的起始和终止核苷酸的对数变换角坐标的正弦和余弦函数显示了跨基因座的有序进程，支持对数周期组织。基于V和J片段使用情况的T细胞克隆频率，来自三个正常干细胞供体，针对TRB基因座上各自片段位置作图，显示出周期性变化。我们假设T细胞克隆库的这种准周期性变化可能受基因片段在对数缩放的TCR基因座上位置的影响。双螺旋中DNA两条链之间的相互作用可能通过由两个螺旋叠加产生的相长或相消干涉影响基因片段使用的概率，从而影响DNA重组的概率。
引用
@article{arxiv.1501.00717,
title = {On The Organization Of Human T Cell Receptor Loci},
author = {Amir A. Toor and Abdullah A. Toor and Masoud H. Manjili},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.00717},
year = {2019}
}
备注
27 Pages, 6 Figures, 2 Supplementary Figures