纵向 T 细胞受体克隆动态的方差分量混合建模
统计方法学
2025-02-10 v1
摘要
对 T 细胞及其克隆独特受体的研究在阐明免疫反应与人类疾病之间的关联方面显示出前景。迄今为止，用于识别响应某些治疗策略而扩张或收缩的 T 细胞受体克隆的方法，仅限于克隆频率与多重性调整的纵向成对比较。在此，我们开发了一种适用于任意随访和缺失数据的更通用混合模型方法，将动态纵向克隆频率行为与静态行为区分开来。虽然通常在分布族的位置或尺度参数上进行混合，但该模型直接在参数化本身上进行混合，动态分量允许在纵向随访期间具有可变的、Gamma 分布的 Poisson 均值参数，而静态分量均值是时间不变的。利用共轭性，可以积出动态和静态分量的均值参数，以产生不同的后验预测分布，其表达式分别是负二项分布的乘积和单个负多项分布，各自根据受体读数归一化的偏移量进行修改。开发了一种 EM 算法来估计超参数和分量隶属关系，并在仿真中证明了该方法的有效性。该模型在一群前列腺癌患者中确定，在接受转移灶导向放射治疗的患者中，TCR 克隆动态存在统计学显著且临床相关的增加。
引用
@article{arxiv.2502.04553,
title = {Variance component mixture modelling for longitudinal T-cell receptor clonal dynamics},
author = {David Swanson and Alexander Sherry and Chad Tang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2502.04553},
year = {2025}
}