抗原受体库多样性分析模型

在近期的大部分免疫学文献中，抗原受体群体间的差异是通过借用于生态学研究的物种重叠与多样性的非参数统计量来检验的。尽管该方法在广泛的情况下具有鲁棒性，但它似乎对潜在的克隆大小分布以及区分受体群体的整体机制提供的洞察力有限。作为一种可能的替代方案，本文提出了一种参数化方法，该方法不仅对数据欠采样进行了校正，还通过无监督学习的现代统计工具提供了一种同时比较多个受体组的统一方法。该参数化模型基于灵活的多元Poisson-对数正态分布，并被视为生态学生物多样性模式研究中使用的单元Poisson-对数正态模型的一种自然推广。文中描述了评估模型拟合度的步骤，以及为执行必要诊断而开发的公共领域软件。当应用于转基因小鼠群体的T细胞受体数据时，这种模型驱动的分析与传统方法相比表现更优。