细胞群体中生化网络参数分布的估计
定量方法
2009-09-27 v2 分子网络
摘要
异质性细胞群体在许多生物系统中扮演着重要角色。本文考虑每个细胞可由常微分方程建模的系统。为解释异质性,参数值在单个细胞间不同,服从作为模型规范一部分的分布函数。异质性细胞群体的实验数据可通过流式细胞荧光显微镜获得。我们提出一种启发式方法,利用此类数据估计群体中的参数分布。该方法基于在参数空间中为样本生成模拟数据。通过凸优化,计算这些样本的合适概率密度函数。为评估所提方法,我们考虑了肿瘤坏死因子(TNF)信号通路简单模型的人工数据。其主要特征是TNF响应的双峰性:一定比例的细胞在刺激后发生凋亡,而其余部分保持存活。我们展示了我们的建模方法如何能够识别导致差异性响应的原因。
引用
@article{arxiv.0905.1191,
title = {Estimation of biochemical network parameter distributions in cell populations},
author = {Steffen Waldherr and Jan Hasenauer and Frank Allgöwer},
journal= {arXiv preprint arXiv:0905.1191},
year = {2009}
}
备注
14 pages, 5 figures