重复免疫测序作为 B 细胞库多样性的稳健探针
定量方法
2017-08-30 v1 应用统计
摘要
B 细胞受体库定量表征的核心是克隆多样性——即库中存在的不同体细胞重组受体的数量及其相对丰度，这定义了免疫反应可用的搜索空间。本研究综合流式细胞术和免疫测序技术，对三名成年人的外周血记忆 B 细胞和初始 B 细胞进行了研究。采用了一种组合实验设计，构成了一种对扩增随机性具有稳健性的样本丰度探针，这是相较于以往多样性测序研究的关键定量进展。利用这些数据探究库多样性，推动了生态学和语料库语言学中经典多样性模型的扩展。提供了记忆和初始 B 细胞库的最大似然多样性估计。两者均显示出由稀有克隆主导以及丰度中的幂律标度机制。记忆克隆的库丰度比初始克隆更为离散，且大多数初始克隆在抗原识别前未发生增殖。
引用
@article{arxiv.1410.0350,
title = {Replicate immunosequencing as a robust probe of B cell repertoire diversity},
author = {William DeWitt and Paul Lindau and Thomas Snyder and Marissa Vignali and Ryan Emerson and Harlan Robins},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.0350},
year = {2017}
}
备注
6 pages, 3 figures, 1 table