重建B细胞克隆谱系. I. 未观测祖先的统计推断
定量方法
2013-03-05 v1 基因组学
种群与进化
摘要
对感染和免疫接种的适应性免疫反应中的关键现象之一是亲和力成熟，在此过程中抗体基因发生突变和选择，通常导致与激发抗原的结合亲和力显著增加。多个领域的技术进步使得从单个B细胞克隆大量重链-轻链对成为可能，从而识别出整套克隆相关抗体。这些集合可以提供重建其自身历史所需的信息——即克隆发育过程中引入谱系的序列变化——并详细研究亲和力成熟。但这一方案的成功完全取决于准确推断创始祖先和其他未观察到的中间体。我开发了一种经验贝叶斯方法，可以计算祖先的后验分布，从而彻底说明重建中固有的不确定性。我展示了该方法在重链和轻链克隆上的应用，评估了推断的可靠性，并讨论了不确定性的来源。
引用
@article{arxiv.1303.0424,
title = {Reconstructing a B-cell clonal lineage. I. Statistical inference of unobserved ancestors},
author = {Thomas B. Kepler},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.0424},
year = {2013}
}
备注
15 pages including 4 figures