基于家系的HLA填补与单倍型相合移植优化
定量方法
2022-08-12 v1
摘要
近来，具有多个HLA错配的单倍型相合移植已成为系统细胞移植的可行选择。单倍型共享检测需要对供体与受者进行填补。我们表明，即使在所有等位基因均已知的高分辨率分型中，单倍型定相仍存在15%的错误率，在低分辨率分型中更高。类似地，在相关供者中，需对父母单倍型进行填补以确定每个子代继承的单倍型。我们提出GRAMM（基于图的家庭填补，GRaph bAsed FaMilly iMputation）用于对家系 pedigree HLA分型数据及母-脐带血单位对中的等位基因定相。我们表明，当有系谱数据可用时，GRAMM实际上无定相错误。我们将GRAMM应用于不同分型分辨率的模拟以及母-脐配对分型，显示出极高的定相准确率和改善的等位基因填补准确率。我们利用GRAMM检测重组事件，并表明模拟中错误检测的重组事件率（假阳性率）极低。我们随后将重组检测应用于已分型家系，以估算以色列与澳大利亚人群数据集中的重组率。估算的重组率上限为每家庭10-20%（每个体1-4%）。GRAMM可从 https://gramm.math.biu.ac.il/ 获取。
引用
@article{arxiv.2208.05882,
title = {Family based HLA imputation and optimization of haplo-identical transplants},
author = {Zuriya Ansbacher-Feldman and Sapir Israeli and Martin Maiers and Loren Gragert and Dianne De Santis and Moshe Israeli and Yoram Louzoun},
journal= {arXiv preprint arXiv:2208.05882},
year = {2022}
}
备注
23 pages (20 + 3 of Supp. Mat.), 9 figures (6 + 3 of Supp. Mat.) Submitted to NAR (Nucleic Acids Research)