在线游程长度 Burrows-Wheeler 变换的更快实现

对 Burrows-Wheeler 变换后的字符串进行游程编码，得到游程长度 BWT（RLBWT），是处理高度重复字符串的有力工具。我们提出了一种新的在线 RLBWT 算法，该算法在游程压缩空间内工作，运行时间为 $O(n\lg r)$，空间为 $O(r\lg n)$ 位，其中 $n$ 是迄今为止接收到的输入字符串 $S$ 的长度，$r$ 是反转后 $S$ 的 BWT 中的游程数。我们在经验构建时间方面改进了在线 RLBWT 的最先进算法。通过采用动态列表来维护全序关系，我们可以用动态列表中标签的直接比较来替换游程压缩字符串上动态小波树中的 rank 查询。各种基准测试的经验结果显示了我们算法的效率，特别是对于高度重复的字符串。