BWT-runs 压缩索引上的最优时间查询

为高度重复字符串（即具有大量重复的字符串）建立支持快速查询的索引已成为字符串处理中的核心研究课题，因为在生物信息学和自然语言处理中有广泛应用。尽管迄今已提出大量针对高度重复字符串的索引，开发支持多种查询的压缩索引仍具挑战性。游程长度 Burrows-Wheeler 变换（RLBWT）是一种通过对输入字符串进行可逆置换和游程长度编码实现的无损数据压缩，因用于高度重复字符串索引而受到关注。LF 和 $\phi^{-1}$ 是在 RLBWT 上构建索引的两个关键函数，此前最优结果在 $O(r)$ 字空间下以 $O(\log \log n)$ 时间计算 LF 和 $\phi^{-1}$，其中 $n$ 为字符串长度，$r$ 为 RLBWT 中游程数。在本文中，我们改进了 LF 和 $\phi^{-1}$，使其在 $O(r)$ 字空间下可在常数时间内计算。随后，我们提出 OptBWTR（BWT-runs 压缩索引上的最优时间查询），这是首个在最优时间和 $O(r)$ 字空间下支持定位、计数、提取等多种查询的字符串索引。