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在线计算参数化 Burrows--Wheeler 变换

数据结构与算法 2022-09-01 v2

摘要

参数化字符串是字符串的推广,其字符取自两个不同的字母表,其中一个视为静态字符字母表,另一个视为参数字符字母表。两个参数化字符串若存在一个对所有字符的双射,使得该双射将一个字符串变换为另一个并保持静态字符不变(即在静态字母表上表现为恒等映射),则称为参数化匹配。Ganguly 等人[SODA 2017]提出了参数化 Burrows--Wheeler 变换(pBWT)作为 Burrows--Wheeler 变换的变体,用于空间高效的参数化模式匹配。本文提出一种通过从右到左逐个读取给定输入字符串字符来在线计算 pBWT 的算法。我们的算法对每个输入字符的摊还时间为 O(Πlogn/loglogn)O(|\Pi| \log n / \log \log n),其中 nnΠ\Pi 分别表示输入字符串的大小与参数字符的字母表。

关键词

引用

@article{arxiv.2206.15100,
  title  = {Computing the Parameterized Burrows--Wheeler Transform Online},
  author = {Daiki Hashimoto and Diptarama Hendrian and Dominik Köppl and Ryo Yoshinaka and Ayumi Shinohara},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2206.15100},
  year   = {2022}
}

备注

13 pages, accepted to SPIRE 2022