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原地双射 Burrows-Wheeler 变换

数据结构与算法 2020-04-28 v1

摘要

Burrows-Wheeler 变换(BWT)[Burrows and Wheeler, 1994] 最著名的变体之一是双射 BWT(BBWT)[Gil and Scott, arXiv 2012],它将扩展 BWT(EBWT)[Mantaci et al., TCS 2007] 应用于给定文本的所有 Lyndon 因子的多重集。由于 EBWT 可逆,BBWT 是一种双射变换,即 EBWT 的逆像恢复该 Lyndon 因子的多重集,从而可通过将这些因子按非增序排序得到原文本。本文给出原地构造或反转 BBWT 的二次时间算法。我们还给出从 BBWT 到 BWT 或反之的转换,可(a)原地使用二次时间,或(b)在游程压缩设定下使用 O(nlgr/lglgr)O(n \lg r / \lg \lg r) 时间与 O(rlgn)O(r \lg n) 位字长,其中 rr 为 BWT 与 BBWT 中字符游程数之和。

关键词

引用

@article{arxiv.2004.12590,
  title  = {In-Place Bijective Burrows-Wheeler Transforms},
  author = {Dominik Köppl and Daiki Hashimoto and Diptarama Hendrian and Ayumi Shinohara},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2004.12590},
  year   = {2020}
}

备注

In proceedings of CPM 2020